虽然孤独症的病因还不完全清楚，但目前的研究表明，某些危险因素可能同孤独症的发病相关。引起孤独症的危险因素可以归纳为：遗传、感染与免疫和孕期理化因子刺激。
遗传因素
双生子研究显示，孤独症在单卵双生子中的共患病率高达61%～90%，而异卵双生子则未见明显的共患病情况。在兄弟姊妹之间的再患病率，估计在4.5%左右。这些现象提示孤独症存在遗传倾向性。
研究显示，某些染色体异常可能会导致孤独症的发生。目前已知的相关染色体有7q、22q13、2q37、18q、Xp;某些性染色体异常也会出现孤独症的表现。如47、XYY以及45、X/46、XY嵌合体等。较常见的表现出孤独症症状的染色体病有4种：脆性X染色体综合征、结节性硬化症、15q双倍体和苯丙酮尿症。
每年均有新的关于孤独症候选基因的报道。近年来新报道的孤独症候选基因有clock，PRKCBl、CNTN4，CNTCAP2、 immune gene、STK39、MAOA、CSMD3、DRD1、neurexinl、SLC25A12、JARDlC、Pax6。另有研究报道，在汉族孤独症患者中，NRP2基因存在遗传多态性。
繁多的候选基因提示了孤独症是一种多基因遗传病，即孤独症可能是在一定的遗传倾向性下，由环境致病因子诱发的疾病。
感染与免疫因素
早在20世纪70年代末就有研究发现，孕妇患病毒感染后，其子代患孤独症的机率增大。后来数个研究均提示，孕期感染与孤独症发生可能有一定的关系。目前已知的相关病原体有：风疹病毒、巨细胞病毒、水痘——带状疱疹病毒、单纯疱疹病毒、梅毒螺旋体和弓形虫等。目前推测，这些病原体产生的抗体，由胎盘进入胎儿体内，与胎儿正在发育的神经系统发生交叉免疫反应，干扰了神经系统的正常发育，从而导致了孤独症的发生。
孕期理化因子刺激
受孕早期孕妇若有反应停和丙戊酸盐类抗癫痫类药物的用药史以及酗酒等，可导致子代患孤独症的机率增加。根据这些研究，对怀孕12.5 d的大鼠一次性高剂量腹腔注射丙戊酸钠，其子代鼠表现出类似孤独症的行为学表现。还有研究发现，孕期大鼠暴露于反复冷冻刺激中，也会增加子代患孤独症的机率;对孕鼠进行反复冷冻刺激，其子代也表现出孤独症的行为学特征。
其它假说：
就自闭症(孤独症)的成因，仍未有定案，现有多种假说：
1、自身障碍假说
2、基因说
20%的自闭症(孤独症)患者中，他的家族可找到有智能不足、语言发展迟滞和类 似自闭症(孤独症)的。此外，自闭症(孤独症)男童中约10%有X染色体脆弱症。
3、脑雄性荷尔蒙过高说
4、营养不足说
5、消化功能不足说
6、叶酸说
7、疫苗说
此学说首次提出，是在1988年2月出刊的刺针杂志刊出由AndrewWakefield为首的研究，表示自闭症(孤独症)可能和麻腮风三联疫苗有关。但此研究有人批评可信性成疑。因为AndrewWakefield有利益冲突。二零零五年十月，考科蓝协作网总结了31项有关自闭症(孤独症)和麻腮风三联疫苗的研究，未有证据证明麻腮风三联疫苗与自闭症(孤独症)有关。1998年由Gillberg领导的研究，分析瑞典由1975至1984年的数据，发现加入麻腮风三联疫苗于防疫计划之前和之后，自闭症(孤独症)的发病率没有统计学上的明显分别。Madsen等于2002年发表的研究，分析丹麦由1991年至1998年的数据，也发现有接种麻腮风三联疫苗与没有接种麻腮风三联疫苗之儿童的自闭证病发率没有统计学上的明显分别。Kennedy首次发表 Thimerosal(一种含有有机水银的疫苗防腐剂)可能和自闭症(孤独症)有关。他分析了水银中毒和自闭症(孤独症)的病征相似之处，也表示安曼教派儿童没有接受防疫注射，自闭症(孤独症)发病率很低。此研究没有任何流行病学数据支持。可是，美国疾病管制中心回应此研究，指Thimerosal不似是自闭症(孤独症)的原因。但基于公众忧虑，疾病管制中心、食物及药物管理局，及国家健康署共同于一九九九年发表声明，要求药厂停止使用 Thimerosal作为疫苗防腐之用。 Geier等发表了十一份研究，指出自闭症(孤独症)和儿童接种疫苗有关。他根据美国 Vaccine Adverse Event ReportingSystem(VAERS)数据进行分析，指出美国防疫计划使用没有含有 Thimerosal的疫苗后，美国儿童的自闭症(孤独症)发病率有所下降。美国儿科协会严重指摘此研究，表示VAERS的数据有偏颇，不能用于流行病学研究。Madsen的研究也发现，就算丹麦于1992年停用Thimerosal，自闭症(孤独症)的发病率也不跌反升。
8、脑创伤说
包括在怀孕期间窘迫性流产等因素而造成大脑发育不全，生产过程中早产、难产、新生儿脑伤，以及婴儿期因感染脑炎、脑膜炎等疾病造 成脑部伤害等因素，都可能增加自闭症(孤独症)机会。
9、细菌或病毒入侵说
妇女怀孕期间可能因德国麻疹或有流行性感冒等病毒感染，使胎儿的脑部发育受损伤而导致自闭症(孤独症)。
10、免疫系统失效说
11、血型说
12、神经元说
13、心理障碍假说
14、自然变异假说
